Mère M.Elisabeth fut nommée Supérieure Générale pour succéder à Mère M.François avec pour Assistante Mère M.Angèle à qui elle confia la responsabilité du Noviciat.
Sa première préoccupation fut de mettre à l’honneur la bien-aimée Fondatrice et de lui redonner sa place à Marie Auxiliatrice. Elle distribua des photos et demanda au chanoine Théloz d’écrire sa biographie.
Elle entreprit des démarches auprès des Sœurs de Notre Dame de la Charité pour récupérer le corps de Mère Marie-Thérèse ; et le 14 septembre 1891, celle-ci revenait parmi ses Filles dans le caveau de Marie Auxiliatrice au cimetière de Villepinte.
En juin 1892, Mère Marie-Xavier de Soubiran quittait Notre Dame de Charité et reprenait sa vie religieuse à Marie Auxiliatrice.
Mère M.Elisabeth est assise au milieu de ses conseillères
C’est aussi une période de renouveau pour la Congrégation qui développe son champ apostolique. En 1893 s’ouvre un préventorium à Champrosay, grâce au don de la Famille Minoret-Nolleval. Le Sana de Villepinte agrandit ses locaux, les admissions sont de plus en plus nombreuses. Les Maisons de famille, elles aussi s’agrandissent à Lyon, Paris. Une nouvelle est ouverte à Angers.
En 1900, Mère Marie-Elisabeth charge Mère Marie-MadeIeine de faire les démarches à Rome pour obtenir l’approbation des Constitutions qui seront approuvées le 30 janvier 1901.
Le 7 avril 1903, Mère Marie-Elisabeth de Luppé s’éteint à Paris , elle est inhumée le samedi Saint à Villepinte dans le caveau auprès de Mère Marie-Thérèse de Soubiran.